ایشان در عصر خویش هم به قضاوت و هم به اجرای حدود الهی همت می گماشت و این همه در کنار فقاهت و معرفت دینی و مراجعیت آئینی سبب شد که ملقب به این عنوان گردد. حاج سیّد محمّد باقر شفتی اولین کسی است که به لقب «حجّت الاسلام » معروف شد و این اتفاق بدان دلیل بود که ایشان در عصر خویش هم به قضاوت و هم به اجرای حدود الهی همت می گماشت و این همه در کنار فقاهت و معرفت دینی و مراجعیت آئینی سبب شد که ملقب به این عنوان گردد.
این عالم ربانی که از نوادگان امام موسی کاظم – علیه السلام –است و در سال 1175 ه ق دیده به دنیا گشوده است در روستای «چَرْزَه » از توابع زنجان. اهل سفر بود و از حضر و عافیت طلبی به دور. علم و دانش و طلبگی و ممارست در امر معارف دینی او را به این سو و آنسوی عالم اسلام کشاند و در این راه سختی های بسیار متحمل گشت گرچه کسب معرفت و اندوختن علم و عمل شیرین کام او گشت و بر مصائب این هجرتها مرهم گذاشت.
از نجف و کربلا و بغداد و کاظمین گرفته تا قم و بیتوته در اصفهان و رحل اقامت گزیدن در این شهر عالم خیز و برپاداشتن بساط درس و بحث و قضاوت و اجرای حدود الهی که مجموعا این عالم ربانی را به ملجأ و مأمنی برای مردم و پشتوانه ای غنی و تکیه گاهی محکم برای آحاد امت اسلام مبدل نمود.
در سال 1205 ه ق او ابتدا به قم و محضر علمی « میرزا ابوالقاسم قمی » و بعد به کاشان رفته و از بحث و فحص« ملّا مهدی نراقی » بهره مند گردید، و بالاخره در سال 1216 ه ق راهی اصفهان شد و در مدرسه چهارباغ بیتوته کرد.
این عالم ربانی و عارف روحانی پس از این همه رنج و مرارت و هجرت و سفر تا آخر عمر خویش در دیار اصفهان باقی ماند و در تمامی مدت اقامتش در آنجا، به تدریس و تالیف و خدمت به مردم پرداخت.
در سال 1231 ق راهی سرزمین حجاز گردید و باقیات الصالحاتی مثل بازپس گرفتن فدک و سپردن آن به سادات و چه دیگر امور علمی و عملی که منشأخیرات و برکات فراوان شد از خود برجای نهاد.
ایشان در سال 1245ق و در زمینی به مساحت هشت هزار متر بنیان یکی از بزرگترین مساجد جهان اسلام را پی افکند و در اقدامی کم نظیر به ساخت مسجدی عظیم و خیره کننده مبادرت ورزید بی آنکه دست یاری به سوی هیچ صاحب منصبی دراز کند و تنها به قدرت لایزال الهی بسنده و تکیه کرد و از منبع پرفیض الهی مدد جست.
گفته اند که «عظمت نقشه سید برای ساخت مسجد، چنان بود که فتحعلی شاه قاجار آن را فراتر از توان مالی وی می انگاشت. شاه با چنین اندیشه ای به سید حجت الاسلام پیشنهاد کرد که در ساختن مسجد شریک شود، ولی سید از پذیرفتن پیشنهاد سر باز زد. شاه گفت: شما توان به فرجام رساندن چنین بنیاد پرشکوهی را ندارید. سید فرمود: دست من در خزانه آفریدگار گیتی است. بدین ترتیب شاه قاجار از شرکت در بنیاد مسجد باز ماند.» این مسجد هم اکنون به مسجد سید در اصفهان معروف است.
زندگی حجت الاسلام گویا و جویای هدف آرمانی او یعنی پناه بودن برای مستضعفان و حلّال دردهای مردمان بود و در طول سالهای حیات پربرکتش هرگز این راه بازنایستاد و از این مسیر روی برنتافت.
این مرد الهی و عالم ربانی پس از هشتاد و پنج سال حیات طیبه و آسمانی، در دوم ربیع الاول سال 1260 هجری قمری دار فانی را وداع گفت و به ملکوت اعلی پیوست و بنا به وصیت خود در مسجد سید شهر اصفهان به خاک سپرده شد.
