با پیروزی انقلاب اسلامی، آمریكا كه منافع خود را در ایران از دست رفته می‌دید، تلاش‌های گسترده‌ای را برای براندازی این نظام نوپا آغاز كرد. علاوه بر فعالیت‌های گسترده‌ی جاسوسی و ایجاد غائله‌های قومی در نواحی مرزی ایران كه با محوریت سفارت آمریكا در تهران سامان‌دهی می‌شد، سازمان جاسوسی آمریكا (CIA) هم طرح فونیكس (phoenix) را برای مقابله با انقلاب اسلامی مردم ایران طرح‌ریزی كرد. بر اساس این طرح، باید سران نظام نوپای اسلامی از میان برداشته می‌شدند تا جمهوری اسلامی به زانو درآید.
نقش‌های متعدد و تأثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در جمهوری اسلامی در كنار پافشاری ایشان در مقابله با جریان‌های منحرف و بیگانه، منافقین كینه‌توز را كه وابستگی آن‌ها به بیگانگان در شرایط آن روز روشن شده بود، به تصمیم خطرناكی رساند. تنها با گذشت یك هفته از تصویب عدم كفایت سیاسی بنی‌صدر در مجلس و پس از بیانیه‌ی منافقین در اعلام جنگ مسلحانه با نظام، آیت‌الله خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران مورد سوء قصد قرار گرفتند. حضرت امام رحمه‌الله بلافاصله پس از ترور، در پیام خود پرده از چهره‌ی عوامل ترور برداشتند: «اینان آنقدر از بینش سیاسی بی‌نصیبند كه بی‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به كسی سوء قصد كردند كه آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌انداز است.»
استدلال‌های آیت‌الله خامنه‌ای در مورد خیانتهای بنی‌صدر به گونه‌ای بود كه در جلسه‌ی نهایی بررسی عدم كفایت سیاسی رییس‌جمهور در مجلس، نمایندگان موافق با عدم كفایت، با در اختیار قرار دادن وقت خود، از ایشان خواستند تا در آن جلسه هم صحبت كنند. حضور آیت‌الله خامنه‌ای در پشت تریبون در حالی كه كیف بزرگی از اسناد را به همراه آورده بودند، تعجب خیلی‌ها را از میزان خیانتهای بنی‌صدر در طول مدت 16 ماهه‌ی ریاست جمهوریش برانگیخت و بالطبع دشمنی‌های زیادی را از سوی سازمان منافقین و گروه فرقان به عنوان حامیان بنی‌صدر برای آیت‌الله خامنه‌ای به بار آورد.
—————————————
محافظ بیسیم را برداشت. كُدشان «حافظِ هفت» بود. «مركز ۵۰- ۵۰»؛ این رمزِ آماده‌باش بود، یعنی حافظ هفت مجروح شده. كسی كه پشت دستگاه بود، بلند زد زیر گریه. محافظ یك‌دفعه توی بیسیم گفت: «با مجلس تماس بگیر.» اسم دكتر فیاض‌بخش و چند نفر دیگر از پزشك‌های مجلس را هم گفت؛ «منافی، زرگر، … بگو بیایند بیمارستان بهارلو.»
بیرون از مسجد، آیت‌الله خامنه‌ای لحظاتی به هوش آمدند اما بلافاصله از هوش رفتند. در بین راه بیمارستان هم چند باری به هوش آمد و دوباره از هوش رفتند؛ ایشان هر وقت به هوش می‌آمدند شهادتین می‌گفتند. لب‌ها و چشم‌ها تكان می‌خوردند؛ خیلی كم البته. ابتدا ایشان را به درمانگاهی در همان نزدیكی‌ها در خیابان قزوین بردند اما كاری از دست كسی بر نمی‌آمد و باید ایشان را به جای دیگر می‌بردند. در این بین پرستاری كه فهمید ایشان آیت‌الله خامنه‌ای، امام جمعه تهران هستند، بلافاصله به محافظین گفت یك كپسول اكسیژن همراهشان ببرند اما انگار كسی صدای او را نشنید برای همین هم كپسول را برداشت و خودش را به ماشین رساند. پایه‌های كپسول را تكیه دادند روی ركاب ماشین، پرستار هم نشست بالای سر آقا. در تمام راه، ماسك اكسیژن را روی صورت آقا نگه داشت.
به لطف خدا، وضعیت آیت‌الله خامنه‌ای با تلاش پزشكان و بعد از انجام عمل جراحی و تزریق ۳۷ واحد خون تثبیت شد و ایشان را برای ادامه درمان و تامین امنیت بیشتر به بیمارستان قلب شهید رجایی انتقال دادند. دكترها می‌گفتند آقا چند مرتبه تا مرز شهادت رفته و برگشته. یك‌بار همان انفجار بمب بود، یك‌بار خون‌ریزی بسیار وسیع و غیر قابل كنترل بود، یك‌بار هم جمع شدن پروتئین‌ها در ریه و حالت خفگی. همه‌ی این‌ها گذشت، اما بیمار تب و لرز شدیدی داشت. چند پتو می‌‌انداختند روی آقا. گاهی حتی دكترها بغلشان می‌كردند تا لرز را كمتر كنند. معلوم نبود منشأ این تب‌ها كجاست؟
—————————————
ترورها كور نبودند، در واقع مبنای تحلیلی داشتند. اولش فكر كردند كه با ترور رهبران حل می‌شود. بعداً دیدند لایه‌های دیگری هم وجود دارد. پس موتور ترور را متوقف نكردند، بلكه به لایه‌های بعدی هجوم آوردند تا شاید بتوانند به هدف برسند و البته ممكن نبود؛ برای این كه ماهیت قدرت در ایران چیز دیگری بود. هدف در واقع این بود كه یك خلأ قدرتی در كشور ایجاد شود و نیروهای سازمان‌یافته‌ی تروركننده، جایگزین این قدرت شوند. یعنی هرج و مرجی پدید بیاید تا این‌ها بتوانند جایش را بگیرند. این اتفاق نیافتاد و ناموفق بود و حتی اثرات مثبت برای نظام داشت.
این اقدام مانند اقدام سال ۵۸ در ترور شهید مطهری اثر خود را به جا گذاشت و باطل بودن اندیشه‌ی بنی‌صدر و طرفدارانش را به وضوح برای مردم روشن ساخت. اگر بنا بود این بطلان اندیشه از طریق مباحثات كلامی پیش رود، شاید سال‌ها طول می‌كشید اما با این اقدام ناجوانمردانه، یك‌شبه و یك‌روزه فساد خود را آشكار ساخت. ترور آیت‌الله خامنه‌ای اولین بارقه‌های خود را بر هواداران مردم‌سالاری دینی تابید. مردم به این فكر فرو رفتند كه اگر رقیب حرف حساب دارد كه نیازی به كشتار ندارد.
—————————————
«ما منتظر بودیم كه آقای بهشتی برگردند و از ایشان حال آقا را بپرسیم. یادم هست كه من احوال را كه پرسیدم، ایشان گفتند كه الحمدلله از خطر گذشته است. یك جمله‌ای من در آن صحبتم گفتم و ایشان هم جوابی دادند كه در ذهن من همیشه باقی مانده است. من پرسیدم كه این بمب به كجا اصابت كرده است و طرف‌های مثلاً گلو و این‌جاها چطور است؟ آقای بهشتی هم كه آدم باهوشی بود، خیلی زود مطلب را گرفت و گفت كه آقای مهاجری مطمئن باشید كه ایشان می‌توانند سخنرانی كنند. چون ایشان خطیب جمعه بودند و خوش‌بیان هم بودند، ایشان متوجه منظور من شد كه آیا امام جمعه داریم یا نه؟»
یك روز قبل از انفجار محل حزب جمهوری اسلامی در سرچشمه تهران و شهادت آیت‌الله دكتر بهشتی كه قاعدتاً آیت‌الله خامنه‌ای نیز باید در آن جلسه حضور داشتند، انفجار بمبی دست‌ساز در مسجد اباذر تهران، امام جمعه‌ی آن زمان تهران را میهمان بیمارستان بهارلو كرد. شهید آیت‌الله بهشتی از نخستین افرادی بود كه برای بررسی اوضاع و خبرگیری از احوال آیت‌الله خامنه‌ای، از اعضای مؤسس حزب جمهوری اسلامی به بیمارستان رفت.
امام مرتب پیغام می‌دادند و از اطرافیان می‌پرسیدند كه: «آقاسیدعلی چطورند؟» پیامشان هم ساعت دو بعد از ظهر 7 تیر پخش شد. دكتر میلانی‌نیا رادیو را گذاشت بیخ گوش آقا. آن موقع ایشان به هوش بودند؛ روح تازه‌ای انگار در وجودشان دمید، جان گرفتند.
—————————————
چهار روز بعد از حادثه كه آیت‌الله خامنه‌ای از وضعیت بحرانی ساعات نخست حضور در بیمارستان خلاص شده بودند و پس از انجام عمل جراحی وضعیت ایشان تثبیت شده بود، ایشان در مصاحبه‌ای با یك گروه تلویزیونی ضمن تشریح وضعیت خودشان در سخنانی خطاب به حضرت امام رحمه‌الله و ملت مسلمان ایران، از آنان به سبب پیام‌ها و ابراز محبت‌هایشان تشكر كردند.
بیتی كه آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به پیام محبت آمیز امام رحمه‌الله خطاب به ایشان گفتند نشان از میزان ارادتشان به رهبر فقید انقلاب اسلامی ایران داشت:
بشكست اگر دل من به فدای چشم مستت سر خُمِّ می سلامت شكند اگر سبویی
آقا در مصاحبه‌ای خطاب به مردم فرمودند: «از امت مسلمان و قهرمان كه این همه دارند فداكاری می‌كنند در جبهه‌ها و پشت جبهه‌ها، این همه دارند جان‌های عزیز و نفیسشان را در راه خدا می‌دهند، انتظار نداریم كه در مقابل یك حوادث كوچكی از این قبیل اظهار نگرانی و احساس نگرانی كنند و ما را بیشتر از آن‌چه كه شرمنده هستیم، شرمنده نكنند.»
—————————————
خیلی از چهره‌های انقلاب برای عیادت می‌آمدند، اما آقا مرتب از شهید بهشتی می‌پرسیدند: «چرا همه می‌آیند، اما ایشان نمی‌آید؟» شك كرده بودند كه یك خبرهایی هست. دور و بری‌ها هم مانده بودند كه چطور به ایشان بگویند. دكتر منافی گفت بهترین راه این است كه بگوییم حاج احمدآقا و آقایان رجایی و باهنر و هاشمی رفسنجانی بیایند و كم‌كم ایشان را مطلع كنند. جمع شدند، اما باز هم نتوانستند بگویند. گفتند فقط یكی دو نفر شهید شده‌اند.
آقا از جمع آن شهیدها به دو نفر خیلی علاقه داشت؛ دكتر بهشتی و محمد منتظری. اولین كسی هم كه به بیمارستان بهارلو آمده بود، محمد منتظری بود. آقا اول پرسیدند آقای بهشتی چطورند؟ گفتند یك مقدار پاهایش مجروح شده است. آقایان كه رفتند، ایشان رو كردند به دكتر میلانی‌نیا و پرسیدند شما از حال ایشان خبر داری؟ دكتر گفت: «بله، از وضعشان باخبرم.» پرسیدند: «مراقبت جدی از حال ایشان می‌شود؟ آن‌جا هم سر می‌زنید؟» بعد هم دكتر را سؤال‌پیچ كردند. دكتر میلانی‌نیا با بغض از اتاق زد بیرون. دوباره كه آمد، آقا را دید كه بچه‌های همراه را جمع كرده‌اند و ازشان بازجویی می‌كنند. دكتر دست و رویش را شسته بود. نشست و یكی یكی اسم همه‌ی شهدای حزب را به آقا گفت.
